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Comprendre demain les effets du microbiote sur les performances des volailles

Le but du consortium METACHICK est de constituer un catalogue des gènes du microbiote intestinal de l’espèce Gallus Gallus pour mieux connaître ses effets sur la santé, le métabolisme, l’immunité ou le comportement des volailles. La Firme-service du Groupe TECHNA fait partie des acteurs de ce consortium aux côtés de l'INRA et de l'ITAVI. Ce projet offrira des perspectives inédites pour l'élevage, l'alimentation et le traitement thérapeutique des poulets.

Le microbiote étroitement lié à la santé des volailles

microbiote poule poulet dindeSaviez-vous que le microbiote intestinal influence en partie le comportement et les performances de poulets, poules pondeuses et dindes ? Actuellement, de nombreuses recherches mettent en lumière les rôles multiples du microbiote intestinal sur son hôte. Les populations bactériennes, dynamiques et complexes, vivent en équilibre dans le tube digestif. Elles influencent la nutrition, le métabolisme, l’immunité ou encore le comportement de l’animal. Une altération qualitative et fonctionnelle du microbiote est susceptible de perturber le fonctionnement de l’ensemble et faire apparaitre des états pathologiques. Un exemple connu chez l’homme, tient à l’altération du microbiote des personnes obèses ou présentant un syndrome métabolique. Les analyses du microbiote fécal montrent une diminution des Bacteroidetes au profit d’une augmentation des Firmicutes.

Afin de corréler la diversité bactérienne aux nombreux facteurs de variation (génétique, environnement etc.), il est nécessaire de caractériser avec précision les communautés microbiennes.

Les progrès scientifiques et techniques de séquençage et d’analyse de l’ADN ont déjà permis de décrypter l’ensemble des génomes microbiens intestinaux (métagénomes) de l’homme. En 2009, le consortium international MetaHIT (the Meta-genomics of the Human Intestinal Tract) a publié un catalogue de 3.3 millions de gènes bactériens intestinaux. Il a été suivi, deux ans plus tard, par le consortium HMP (the Human Microbiome Project) avec un catalogue de 5 millions de gènes. Les résultats de ces travaux ont montré qu’il existait un noyau bactérien commun entre les individus mais que d’autres espèces différaient d’un individu à l’autre avec une très forte variabilité individuelle. La description plus fine de l’écosystème microbien a également permis de mettre en évidence la possibilité de répartir les individus en trois groupes différents, appelés entérotypes, selon la nature des espèces bactériennes qui prédominent dans le tube digestif. Il est probable que chaque entérotype présente ses propres spécificités fonctionnelles et prédispose à certaines maladies digestives plutôt qu’à d’autres.

Après le porc et la souris, un catalogue génétique de la volaille en perspective

Chez les animaux, deux catalogues sont disponibles, celui de la souris (2.6 millions de gènes) et celui du porc (7.7 millions de gènes). Le catalogue du génome bactérien de la volaille n’existe pas encore. Or, cette filière pèse beaucoup au niveau mondial car la production de viande et d’œufs est en constante augmentation.

La connaissance du microbiote intestinal du poulet a donc un intérêt majeur. Son étude approfondie offre une gamme de perspectives concrètes pour améliorer la santé, le bien-être et les performances des volailles (entre autres pondeuses, poulet, dinde). Elle offre aussi de précieuses données pour l’administration des médicaments, dans un contexte de réglementation croissante de la consommation des antibiotiques.

Voilà pourquoi TECHNA est impliqué dans le consortium METACHICK, pour travailler à la construction d’un catalogue de référence du métagénome caecal de Gallus gallus. Ce consortium a débuté en 2015. Il réunit différents partenaires français dont 6 unités de l’INRA, l’ITAVI et le SYSAAF, 11 industriels et le GENOSCOPE. Au total, 600 échantillons ont été collectés par l’ITAVI, en collaboration avec les différents partenaires. Les prélèvements ont été effectués sur de la poule pondeuse, du poulet de chair et quelques lignées expérimentales INRA.

Microbiote de la volaille : à la recherche du profil bactérien idéal ?

Le catalogue de gènes du microbiote intestinal du poulet va permettre d’accéder à des informations jusqu’ici inaccessibles. Il va faciliter, par la suite, la détection et l’analyse du microbiote lors de nouvelles recherches afin de mieux comprendre le fonctionnement global de la population microbienne intestinale de la volaille. Cela permettrait aussi de connaître plus en profondeur la diversité du microbiote et les équilibres entre les groupes bactériens qui le composent.

Tenter d’identifier un noyau commun d’espèces bactériennes entre les volailles, discerner un microbiote intestinal favorable seront les principaux objectifs de ce projet.

Une autre perspective de travail consiste à mieux connaître les fonctions bactériennes associées à un profil bactérien donné, en lien avec les variations physiologiques de l’hôte. Les bactéries remplissent de nombreuses fonctions positives (exemple, la fermentation des sucres et des protéines) ou négatives (par exemple, l’hydrolyse des sels biliaires) pour leur hôte. La possibilité de les moduler pourrait avoir une incidence sur l’efficacité de croissance des poulets et sur leur santé.

De telles découvertes feront émerger de nouveaux leviers d’action pour élaborer de meilleures stratégies alimentaires, mieux comprendre les effets des probiotiques, des prébiotiques ou des enzymes. A cela s’ajoute le développement de traitements thérapeutiques ou encore, la possibilité d’orienter la sélection génétique et les méthodes d’élevage. L’objectif final étant d’améliorer la robustesse, l’efficacité digestive et la santé des volailles.


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